세무 기장과 온라인 구매 공제 처리에 대한 고민 > 금융/세무

안녕하세요 여러분. 최근에 세무 기장과 관련하여 고민이 많아 이렇게 글을 올리게 되었습니다.
저는 일반음식점을 운영하고 있으며 작년 7월부터 12월까지 평균 매출이 4000만원을 넘었습니다. 현재 월 기장료로 11만원을 납부하고 있습니다. 최근 첫 부가세 신고를 하면서 경비 처리 기준에 대해 혼란스러운 점이 많아졌습니다.
요즘은 대부분의 식자재와 비품을 온라인에서 구매하는 경우가 많지 않나요? 저 역시 마트에서 구매하는 경우는 거의 없고 쿠팡 네이버 11번가 등에서 가격 비교 후 저렴한 곳에서 구매하는 비율이 70% 이상입니다. 나머지 30%는 마트에서만 구입할 수 있는 것들이나 급할 때 코스트코나 동네 마트를 이용합니다.
그런데 세무 쪽에서 매입 자료가 부족하다고 하며 국세청에서 체크한 공제/불공제 내역을 보내주었는데 온라인에서 구매한 모든 건이 전부 불공제로 되어 있었습니다. 심지어 코스트코나 동네 마트에서 사업장명이 찍힌 곳들도 불공제 처리되어 있더군요. 반면 하나로마트는 공제로 되어 있는 상황입니다. 또한 개인용도로도 가끔 사용하는 사업자 카드로 결제한 소아과 결제 내역은 공제로 되어 있어 이 또한 혼란스럽습니다.
온라인 구매가 많다 보니 매입 자료가 부족할 수밖에 없는데 세무 쪽에서는 왜 이런 처리를 하는 것인지 궁금합니다. 카드 결제건에 대해 세금계산서를 요청하는 이유도 이해가 가지만 사업장명이 마트로 찍힌 경우에도 불공제로 처리하는 것은 어떻게 받아들여야 할까요? 몇 달 동안 온라인 구매가 많았음에도 불구하고 한 번도 물어보지 않은 점도 이해가 되지 않습니다. 이와 관련하여 조언이나 경험이 있으신 분들의 의견을 듣고 싶습니다.